La iglesia preside el edificio del seminario, es de un estilo muy personal pero entroncado con los principios de lo que se llamó el nuevo misticismo. Al estar todo el conjunto en el campo sin imperativos ni perjuicios de estilos ni de composiciones urbanas se pretendió una sentida y verdadera expresión religiosa, prescindiendo de elementos que distrajeran, dentro de la línea de austeridad con la que se concibió toda la obra, creando una clima de paz y de verdad. El centro de la iglesia es el altar, una gran mesa, centro del misterio de la eucaristía, focalizando toda la iglesia.

El muro desnudo es un plano neutro sin ornamentación alguna que sirve de fondo del altar. Las vidrieras a ambos lados reflejan la luz sobre éste. La virgen, Ntra Sra. De Belén, obra de Fray José María Aguilar, está a la derecha en un plano más bajo. El suelo baja en esta zona y el techo se eleva. Con esto se consigue darle mayor espacialidad al fondo o ábside de la capilla. En los laterales se sitúan una capillas para que más de un sacerdote pudiera decir misa al mismo tiempo dado el estricto horario del seminario.

Exteriormente la iglesia está desprovista de toda ornamentación. El edificio se retranquea de la galería de acceso. Es un constante en toda la obra y una solución innovadora. Siempre se crea un espacio de transición, normalmente ajardinado, que prepara la entrada de la iglesia.